اعلامیه‌ی جهانی حقوق بشر در بند ۱ ماده ۱۴ پناهندگی را به عنوان یک حق بشری به رسمیت شناخته و مقرر داشته: «در برابر شکنجه، تعقیب و آزار، هر شخصی حق درخواست پناهندگی و برخورداری از پناهندگی در کشورهای دیگر را دارد». کنوانسیون بین‌المللی وضعیت پناهندگان 1951 و الحاقیه 1967 آن، ماده ۱۲ اعلامیه اسلامی حقوق بشر (۱۹۹۰)، ماده 18 منشور اروپایی حقوق و آزادی‌های اساسی (۲۰۰۰)، نیز «حق پناهندگی» و لزوم تضمین آن در راستای قواعد مقرر در کنوانسیون ژنو ۱۹۵۱ و پروتکل ۱۹۶۷ را مورد تایید قرار داده است.
پناهندگان باید از همه حقوق و آزادی‌های اساسی که در اسناد حقوق بشری شناسایی شده است، برخوردار ‌باشند. اما با توجه به وضعیت خاصی که پناهندگان در آن به سر می‌برند، بهره‌مندی از برخی حقوق اهمیت ویژه‌ای می‌یابد. برخی از مهمترین حقوق پناهندگان برابر کنوانسیون مربوط به وضعیت پناهندگان (۱۹۵۱) عبارتند از: دولت‌های متعاهد، بدون هرگونه تبعیضی از جمله نژادی، مذهبی و غیره، مقررات کنوانسیون را درباره پناهنده اجرا کنند، آزادی پناهنده در امور دینی و احوال شخصیه باید مشابه اتباع آن کشور محترم شمرده شود. رعایت رفتار مساعد در خصوص تحصیل اموال از سوی پناهنده، حمایتی برابر با اتباع خود از مالکیت معنوی و صنعتی پناهنده، حق عضویت پناهنده در جمعیت‌های غیرسیاسی، غیرانتفاعی و سندیکا‌های حرفه‌ای، شناسایی حق مراجعه پناهندگان به دادگاه‌ها و بهره‌مندی آنان از معاضدت قضایی، اعمال مطلوب‌ترین رفتار با پناهندگان درباره حق اشتغال، دریافت دستمزد، اشتغال به مشاغل و حرفه‌های آزاد علمی، از سیستم جیره‌بندی (ماده ۲۰)، مسکن (ماده ۲۱)، آموزش‌های عمومی (ماده ۲۲)، امور خیریه (ماده ۲۳) و… متناسب با وضعیت اتباع دولت‌های متعاهد بهره‌مند شوند. همچنین، پناهندگان از مزایای قوانین کار و بیمه اجتماعی (ماده ۲۴)، مساعدت‌های اداری (ماده ۲۵)، آزادی‌های رفت و آمد (ماده ۲۶)، اوراق هویتی (ماده ۲۷)، اسناد مسافرتی (ماده ۲۸)، انتقال دارایی (ماده ۳۰)، منع اخراج یا بازگرداندن (ماده ۳۳)، کسب تابعیت (ماده ۳۴) و… نیز مطابق مقررات کنوانسیون بهره‌مند خواهند شد.
ایران با حق شرط بر مواد 17 (مشاغل انتفاعی)، 23 (امور خیریه دولتی)، 24 (قوانین کار و بیمه اجتماعی) و 25 (آزادی رفت و آمد) در تاریخ 28 جولای 1967، به هر دو کنوانسیون 1951 و پروتکل 1967 پیوسته است. پیوستن ایران به این اسناد بین‌المللی با حق شرط یکی از دلایلی است که پناهندگان در ایران از وضعیت مناسبی برخوردار نیستند.
برابر اعلام آژانس پناهندگان سازمان ملل متحد، شمار پناهندگان در ایران در سال ۲۰۱۶ بالغ بر ۹۷۹٬۴۱۰ بوده که ایران را به چهارمین کشور دارای جمعیت پناهنده تبدیل می‌کند. از این تعداد ۹۵۱٬۱۴۲ نفر افغانستانی و ۲۸٬۲۶۸ نفر عراقی هستند. شمار پناهندگان افغانستانی بدون مدرک شناسایی در ایران حدود دو میلیون نفر تخمین زده می‌شود. مطابق قوانین کنونی، پناهندگان افغانستانی نمی‌توانند حق شهروندی ایرانی را به دست بیاورند و فرزندان متولد شده آن‎ها نیز به هیچ وجه ایرانی محسوب نمی‌شوند. این مساله برای زنان ایرانی که با یک افغانستانی ازدواج کرده‌اند، یک تبعیض مضاعف و معضل اجتماعی بزرگ است. زیرا فرزندان آنان نیز نمی‌توانند تابعیت ایرانی به دست بیاورند. البته به استناد بند 4 و 5 ماده ۹۷۶ قانون مدنی بسیاری از افغانستانی‌ها (نسل دوم و سوم) می‌توانند، تابعیت ایرانی را کسب کنند. اما تاکنون اندک شماری توانسته‌اند از این ماده قانونی استفاده کنند، چرا که سیاست حکومت مانع از اجرای این قانون می‌شود.
پناهجویان افغانستانی به دلیل زبان مشترک به سرعت وارد بازار کار می‌شوند. اما این پناهجویان در ایران معمولا برای مشاغل سخت با درآمد کم و بدون پرداخت حق بیمه استخدام می‌شوند. وضعیت تبعیض‌آمیز کارگران افغانستانی در ایران در طی سال‌های اخیر با دشواری‌های بیشتری نیز همراه بوده است.
برخی موارد دیگر نقض حقوق پناهندگان در ایران:
1‌- پناهندگان در ایران حق گرفتن گواهینامه رانندگی و رانندگی ندارند.
2‌- پناهندگان می‌‌توانند حساب بانکی افتتاح کنند، اما برای برداشت پول باید شخصا به بانک مراجعه کنند.
3‌- آن‌ها حق استفاده از خدمات الکترونیکی، عابربانک و دستگاه‌های خودپرداز را ندارند.
4‌- پناهندگان حق فعالیت سیاسی و عضویت در سندیکا را ندارند.
5‌- بسیاری از افغانستانی‌ها‏‏ی که اقامت قانونی ندارند، با موانعی برای ثبت نام فرزندان خود در مدارس روبرو هستند.
6‌- برابر ماده ۱۰۵۹ قانون مدنی زنان ایرانی برای ازدواج با مردان غیرایرانی باید از دولت اجازه بگیرند. این زنان معمولا حتی برای گرفتن شناسنامه فرزندانشان دچار معضل می‌شوند. دولت ایران این ازدواج‌ها را غیرقانونی می‌داند.
برابر گزارش سازمان دیدبان‏ حقوق بشر، ایران هزاران افغانستانی را شتاب‌زده از کشور اخراج می‏‌کند، بدون این‌که به ایشان فرصت دهد، حق خود برای حضور در ایران را اثبات کنند یا درخواست پناهجویی بدهند. موضوعی که مستلزمِ طی فرآیند قضایی است. این سازمان، موارد خشونت از جمله رفتار نامناسب با پناهندگان افغانستانی در ایران، ضرب و جرح، حبس در شرایط غیربهداشتی و غیرانسانی، اجبار به پرداخت پول برای انتقال و اسکان در اردوگاه‌های ‏‏‏مرزی، کار اجباری، و جداسازی اجباری اعضای خانواده‌ها ‏‏‏از یک‌دیگر را مستند ساخته است. این سازمان به‌ویژه آزار و اذیت کودکان مهاجر بدون سرپرست که تعداد قابل توجهی از کارگران مهاجر و اخراج‌شوندگان افغانستانی را تشکیل می‌دهند، را توسط نیروهای امنیتی، نگران‌کننده می‌داند. همچنین، در ایران مراحل پیچیده و دشواری برای پناهجویان افغانستانی وجود دارد. از جمله؛ ثبت‌نام‌های مکرر نزد سازمان‌های ‏‏‏دولتی، بدون عرضه هیچ خدماتی به افراد کم‌سوادی که قادر به درک این مراحل پیچیده اداری نیستند و وجود هزینه‌های ‏‏‏هنگفتی که پناهندگان توان پرداخت آن را ندارند.
با این حال برخی بر این باورند که در سال های اخیر، دولت ایران توانسته به تدریج سیاست‌هایی راهبردی در راستای تامین حقوق پناهندگان از جمله اتباع افغانستانی و عراقی ساکن در ایران اتخاذ کند و دسترسی به خدمات اولیه آموزشی، بهداشتی و معیشتی به پناهندگان را با کم‌ترین کمک مالی از جامعه بین‌المللی فراهم کند.
بدون شک تغییر وضعیت پناهندگان افغانستانی در ایران، نخست مستلزمِ بهبود شرایط اقتصادی در ایران است، چه این‌که صرفِ تغییر قانون بدون در نظر گرفتن شرایط و امکانات اقتصادی، برای ارتقائ حقوق پناهندگان کافی نیست و کشور پناهنده‌پذیر، نخست باید از منابع و امکانات لازم برخوردار باشد که بتواند، حقوق پناهندگان را تامین کند. در شرایط کنونی خود شهروندان ایرانی از بسیاری از حقوق شهروندی محرومند و به طور کلی ایران از شرایط خوبی برای پذیرش پناهنده برخوردار نیست. درست است که این دلیل بر نقض حقوق پناهندگان نمی‌شود، ولی نمی‌توان نسبت به واقعیات بی‌توجه بود.